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Die Einfrierung der Embryonen ist eine Methode, durch die die überzähligen Embryonen konserviert werden können. Sie können eine beliebig lange Zeit im flüssigen Stickstoff für den späteren Transfer aufbewahrt werden. Die Kryokonservierung benutzt man, wenn mehr als zwei bzw. drei Embryonen zur Verfügung stehen, die im gegebenen Zyklus wegen des Risikos einer Mehrlingsschwangerschaft nicht übertragen werden können. Im Falle eines schweren ovariellen Hyperstimulationssyndroms oder der ungeeigneten Bedingungen für den Transfer (z.B. eine andere schwere akute Krankheit der Patientin, niedrige Gebärmutterschleimhaut u.ä.) werden alle Embryonen kryokonserviert. Nicht alle Embryonen können nach der Einfrierung übertragen werden. Etwa 25% kann durch den Einfrierungsprozess beschädigt werden.

Die Erfolgsrate des Transfers der eingefrorenen - entfrosteten Embryonen (Kryoembryotransfer - KET) ist etwas kleiner als beim Transfer der frischen Embryonen. Für die Frau hat dieses Verfahren jedoch den Vorteil, dass keine wiederholte hormonelle Stimulation und keine weitere Oozytenentnahme notwendig sind. Auf Grund des gegenwärtigen Zustands der Kenntnisse ist kein erhöhtes Risiko der Abnormalitäten oder angeborenen Entwicklungsfehler nach der Aufbewahrung der Embryonen nach dieser Methode bekannt.